Sin embargo, en la cuarta fecha del torneo finalización cayó en un bache deportivo y pasó 18 fechas sin ganar (mayor cantidad de juegos sin victorias del equipo). El Atlético Municipal no tuvo mayor figuración durante los primeros torneos del profesionalismo. En 1950, el expresidente de la Liga Antioqueña de fútbol, Luis Alberto Villegas, cambió el nombre del club por Club Atlético Nacional. Tras la marcha de Michel Denisot en 1998, el club comenzó a acumular deudas que alcanzaron los 96 millones de euros en 2002. La deuda neta se redujo a 8 millones en 2004 después de la recapitalización del club. La facturación del club, sin embargo, aumentó de 69 millones a 80 millones de euros. En el invierno de 2018, Zenit tasó el pase de Paredes en 40 millones de euros. En mayo de 2018, fue incluido en la lista preliminar de 35 hombres para la Copa del Mundo de Rusia 2018, pero no llegó a los 23 finalistas. El Kop of Boulogne también desplegó una pancarta en la que se refería a los aficionados del RC Lens como «pedófilos, desempleados y incestuosos» durante la final de la Copa de la Liga 2008. El episodio llevó a la disolución de los Boulogne Boys, uno de los más antiguos grupos de ultras en Francia, por un decreto del gobierno francés.
Onze Mondial (en francés). Fundado el 7 de marzo de 1947 bajo el nombre de Club Atlético Municipal de Medellín y registrado por escritura pública el 30 de abril de 1947 en la notaría primera de Medellín. En agosto de 1950 el nombre del equipo se cambió por el de Club Atlético Nacional. En mayo, Nacional inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de Independiente Nacional, denominación adoptada por los jugadores, pero que nunca apareció en las planillas oficiales. Es el equipo más laureado del fútbol colombiano con 31 títulos oficiales entre campeonatos nacionales e internacionales y por ello se le denomina popularmente como el Rey de Copas. El 15 de agosto a las once horas, se jugó el primer partido del Fútbol Profesional Colombiano entre Atlético Municipal y la Universidad Nacional en el Hipódromo-estadio San Fernando de Itagüí; el marcador final fue Atlético Municipal 2 – 0 Universidad Nacional. Lo destacable fue la regularidad de Balassanián que continuó haciendo goles, y el marcador de punta Cristóbal Yotagrí, quien se destacó como uno de los mejores jugadores del campeonato.
En enero de 1960, tras dos años en los que la administración del equipo estuvo en manos de los jugadores (1958 y 1959), se anunció un relevo en la dirección del Nacional y los antiguos dirigentes retomaron la riendas del equipo. Sin embargo, con los nuevos dirigentes no llegaron los éxitos deportivos; si bien, continuaron con la nómina de jugadores colombianos, ese año y el siguiente el equipo terminó en la cola del campeonato. En 1960 retornaron los antiguos dirigentes para tomar la riendas del equipo, pero en contra de lo que se pensaba, los resultados deportivos no llegaron. El productor argentino, fan del equipo, sigue aprovechando su auge. En aquella reunión asistió, como representante del equipo, su presidente, Jorge Osorio Cadavid. Sin embargo, algunos jugadores, liderados por Humberto «Turrón» Álvarez y Ricardo Ruíz, idearon una forma de alquilar la ficha del equipo ante la Dimayor, se asociaron utilizando las denominadas «Natilleras», práctica común en Antioquia que consiste en un grupo de personas que aportan dinero con el fin de lograr un objetivo común, gracias a esto, los jugadores recibieron el dinero de las taquillas, de allí pagaron los gastos del equipo y el alquiler de la ficha, y se repartieron lo poco que quedaba.
Sin embargo, tras la salida del arquero Luis Largacha por indisciplina (que en ese momento era considerado el mejor arquero colombiano), el plantel se sumió en una crisis interna que repercutió en los resultados deportivos y finalizó en la novena posición. En 1996 el equipo fue adquirido por la Organización Ardila Lülle, propiedad del empresario colombiano Carlos Ardila Lülle. La institución abandonó la Liga Antioqueña de fútbol, y afrontó el Campeonato Profesional Colombiano con una nómina de «puros criollos». En 1947 el expresidente de la Liga Antioqueña de fútbol, Alberto Villegas Lopera, lideró la fundación de una sociedad comercial, la cual pretendía darle más importancia a los deportes en Antioquia como el fútbol y el baloncesto. La escritura pública de la nueva sociedad se realizó el 30 de abril de 1947. El 27 de junio de 1948 se fundó en Barranquilla la Dimayor, con el objetivo de organizar un torneo de fútbol profesional en el país. Liga Antioqueña. El Unión Indulana Foot-Ball Club resultó ser el indicado y se acordó la incorporación de este a la nueva institución, de esta forma, el club pasó a ser el Atlético Municipal.