Nacional obtuvo su cuadragésimo sexto Campeonato Uruguayo dirigido por Martín Lasarte. El 16 de junio de 2012 jugó la semifinal de la temporada 2011-12 frente a Defensor Sporting, consagrándose bicampéon del Fútbol Uruguayo tras ganar 1:0. Obtuvo así su 44° Campeonato Uruguayo, triunfando en los dos clásicos de la temporada con la decisiva participación de Álvaro Recoba, quien convirtió un gol de penal en la hora en el clásico del Apertura para la victoria 2:1 y otro de tiro libre para el 3:2 del Clausura. En 2017 Nacional obtuvo la primera edición del Torneo Intermedio, pero al no conseguir ni el Apertura ni el Clausura quedó fuera de la definición del Campeonato Uruguayo, lo que determinó la salida de Lasarte de la dirección técnica. La prioridad es dar salida cuanto antes a muchos de los jugadores que iniciarán la pretemporada. Joao Victor es el nuevo nombre que se ha sumado a la lista de pretendidos por el Sevilla FC para suplir la salida de Diego Carlos y la más que probables de Jules Koundé en este mercado estival. En el Torneo Intermedio 2019, Nacional descontaría puntos en la Tabla Anual, cosechando 14 unidades sobre 21, además ganaría el partido clásico por un contundente 3-0; a pesar de esto Nacional no pudo clasificar a la final del torneo, que ganaría Liverpool.
Esto, sumado al haber ganado la Tabla Anual, equipacion italia 2022 le otorga ventaja en la definición del campeonato. En los últimos tiempos, ha pasado que la Conmebol ha saludado a Nacional por triunfos deportivos o aniversarios de fundación mencionándolo como «decano del fútbol uruguayo» y luego ha tenido que retirar dichos saludos, por generar reacciones negativas en los hinchas de su tradicional rival, Peñarol. El 14 de mayo de 1999 Nacional festejó su centenario bajo el lema «100 Años de Verdad», en alusión a la polémica sobre la fecha de fundación del Club Atlético Peñarol, y celebró el acontecimiento con un partido frente a su rival en la final de la Copa Intercontinental 1988, el PSV Eindhoven en el Estadio Centenario. Aunque bajo su dirección el equipo obtuvo la Supercopa 2019 ante Peñarol y en el plano internacional consiguió dos victorias por la Copa Libertadores 2019, camiseta seleccion italiana 2022 por el Torneo Apertura quedó relegado rápidamente con solo tres puntos tras las primeras cinco fechas. The Athletic cuenta que existe la posibilidad de que realice las primeras sesiones de entrenamiento con el West Brom ya que el club comienza la semana que viene la pretemporada. Con el nuevo equipo técnico Nacional eliminó a Peñarol por 2:0 y clasificó a la Copa Libertadores de 1980. Superó en la fase de grupos a Defensor y a los bolivianos The Strongest y Oriente Petrolero, en semifinales a O’Higgins de Chile y a Olimpia de Paraguay, clasificándose para disputar la final ante Internacional de Porto Alegre.
Este fue sucedido por el hasta entonces técnico de la tercera división, Alexander Medina. Nacional, en su condición de ganador de la Tabla Anual y del Torneo Clausura por la definición del Campeonato, enfrenta al ganador del Torneo Apertura, Peñarol; con gol de Matías Zunino vencería por 1 a 0, logrando obtener de esta forma su título 47 como Campeón Uruguayo; este campeonato sería muy recordado por los hinchas por el hecho de haber ganado 3 finales clásicas en un año, 2 de las mismas en 4 días. Este mismo año, la Copa Intercontinental se jugó por primera vez a un partido único en Japón, gracias a la gestión de los dirigentes tricolores, que pudieron convencer a los europeos que se rehusaban a participar de la competencia. Se tratará además de la décimo octava participación consecutiva, lo que constituye un récord a nivel de dicha competencia. Dicha victoria le permitió al club disputar dos trofeos internacionales más: la Copa Intercontinental 1971 y la Copa Interamericana 1972. Para lograr la Intercontinental, Nacional debió enfrentarse con el Panathinaikos, subcampeón europeo. Para la definición de los títulos continentales a los que le daba derecho la obtención de la Libertadores, Nacional mantuvo en 1989 buena parte del plantel, pero con cambio de cuerpo técnico -asumió el exjugador del club Héctor Núñez-.
Debido a los resultados irregulares, a comienzos de marzo de 2013 la Comisión Directiva lo sustituyó por un interinato conformado por el exjugador Juan Carlos Blanco junto al técnico del plantel de 3.ª División, Gustavo Bueno, como asistente. En 2007, después de la derrota por 3-1 ante Francia en las eliminatorias para la Eurocopa 2008, declaró que se sentía insatisfecho por el modo en que era ubicado dentro del campo por el entonces técnico Roberto Donadoni, por lo que le pidió públicamente no ser convocado a no ser que juegue en la delantera. Rehizo su autoestima tras salir del programa, y más tarde reconstruyó su corazón, gracias a un muchacho llamado Sergi, que ayer la recibió en el plató junto a sus padres. ↑ «Nacional estrena ‘la bandera más grande del mundo’ ante Toluca». ↑ a b «Nacional en búsqueda de un triunfo en la Copa Libertadores». En semifinales enfrentó a Universitario de Perú y a Palmeiras de Brasil, destacándose el triunfo sobre Palmeiras en el mismo Estadio Pacaembú de San Pablo por 3:0. Debió disputar las finales frente al entonces tricampeón Estudiantes de la Plata, como en la final de 1969. Ambos partidos terminaron 1:0 con triunfo para el local.