«Del Piero & Inzaghi wave goodbye as winners in fairytale ending» (en inglés). ↑ «Del Piero: Sono grato ai tifosi Irlandesi». ↑ «El historial de Peñarol-Nacional por CONMEBOL Libertadores». El mismo año iba a participar en la Supercopa, pero fue forzado a renunciar por una sanción de la CONMEBOL tras un partido de la Copa Libertadores de ese año contra Vasco da Gama. Ganaron los paraguayos por 2-0. El de vuelta se jugó en Bogotá, en el Estadio Nemesio Camacho El Campín, debido a que el Estadio Atanasio Girardot, de Medellín, camiseta de italia 2022 en esa época no poseía la capacidad mínima (50.000) que pedía la CONMEBOL. En el partido de ida en Medellín, Atlético Nacional cayó goleado 0-4 con San Lorenzo de Almagro, el juego de vuelta finalizó 0-0 en Argentina. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo, perdió 0-2 en el Atanasio Girardot y empató a un gol en el Morumbí.
En 2006 Nacional llegó hasta octavos de final de la Copa Libertadores, donde fue eliminado a manos de la Liga de Quito. En 1990 Atlético Nacional llegó a la semifinal de la Copa Libertadores, instancia en la que fue eliminado por el Olimpia de Paraguay, equipo al que un año antes había vencido en la final del mismo certamen. En 2016 Atlético Nacional inició la temporada ganando la Superliga al derrotar 5-0 al Deportivo Cali en el global. Para el Finalización, Atlético Nacional logró su segundo bicampeonato, se clasificó a la final contra el Deportivo Cali. Esta fue la tercera vez que Atlético Nacional logró coronarse campeón frente al América de Cali. Además, como campeón de la Libertadores, tuvo el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino. Atlético Huila. El primer partido, disputado en el Estadio Guillermo Plazas Alcid de Neiva, el 13 de junio, finalizó 1-0 a favor de Atlético Nacional con gol de Carmelo Valencia. El segundo encuentro, jugado el 17 de junio, terminó 2-1 a favor del equipo antioqueño con goles del delantero Carmelo Valencia y el volante Diego Toro, para de esa forma obtener el título nacional por novena ocasión.
», 63 840 votaron a favor de Nacional. Tras el inicio del nuevo proceso con Osorio, Nacional obtuvo su segundo título en esta era, camiseta italia al ganar la Copa Colombia por primera vez ante el Deportivo Pasto por marcador global de 2-0 con goles de Fernando Uribe y Juan David Valencia. El 3 de mayo fue anunciado Juan Carlos Osorio como nuevo director técnico luego de la salida de «Sachi» Escobar. El 26 de mayo se confirmó la salida del técnico Juan Carlos Osorio, siendo el técnico más ganador en la historia del club hasta ese momento. El 14 de mayo de 1999 Nacional festejó su centenario bajo el lema «100 Años de Verdad», en alusión a la polémica sobre la fecha de fundación del Club Atlético Peñarol, y celebró el acontecimiento con un partido frente a su rival en la final de la Copa Intercontinental 1988, el PSV Eindhoven en el Estadio Centenario. El partido de vuelta se jugó el 21 de mayo en el Estadio Atanasio Girardot. El 27 de julio el equipo se jugó el partido de vuelta en el Estadio Atanasio Girardot.
En el juego de ida en el Estadio Metropolitano, el equipo costeño ganó 3-0. No obstante, en la revancha, Atlético Nacional ganaba 5-1, ganando parcialmente el título con el marcador agregado de 5-4, pero faltando tres minutos para el final, el argentino Walter Ribonetto marcó el 5-2 alargando la final a definición por penales. Del mismo modo, el club lanzó «Tous PSG» (o «Plan Leproux»), un plan de lucha contra la violencia que aniquila todos los grupos de aficionados en el estadio. Cuenta Tobi Altschäffl, periodista de BILD, que «además de la llamada telefónica entre Robert Lewandowski y Hasan Salihamidzic, hubo una reunión entre el club y el jugador. Sin embargo, la opinión de Lewandowski sigue siendo la misma: tiene muchas ganas de irse, quiere jugar en el Barcelona la próxima temporada». En el 2014-I, Atlético Nacional logró su tercera final consecutiva por segunda la primera fue desde Apertura 2005 y ser el primer equipo colombiano en obtener el tricampeonato en torneos cortos, con una excelente actuación, llegó a la final contra el Junior. En el Torneo Apertura quedó segundo con 36 puntos, en el Torneo Finalización quedó sexto luego del cambio de entrenador de Reinaldo Merlo a Luis Fernando Suárez.