En la temporada 2003-2004 repite título y también gana la Copa de la UEFA, camiseta de uruguay mundial 2022 logrando así un doblete histórico y situando al Valencia como mejor equipo del mundo del año 2004 según la IFFHS. Para el segundo semestre del 2009, el Atlante fue invitado a la Copa de la Paz, donde disputó 2 partidos, ante el Málaga, donde ganó 3-1, y ante el Aston Villa, ante el cual cayó 3-1, pero dejando una sensación de un buen fútbol.
